嘴溃疡的原因有多种。一般来说，约20% - 30%的嘴溃疡与遗传因素有关，如果家族中有多人经常长口腔溃疡，那么本人患口腔溃疡的几率相对较高。
一、局部创伤因素
口腔咬伤： 比如吃饭时不小心咬到口腔黏膜，就容易引发溃疡，这种情况在进食过快、说话时不小心咬到等情况下较常见。牙刷刺伤： 刷牙时用力过猛，牙刷毛过硬等，可能会刺伤口腔黏膜，从而导致溃疡发生。
二、营养不良因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B2、维生素B12等维生素时，容易出现嘴溃疡。比如长期挑食、偏食的人，很可能会因为维生素摄入不足而引发口腔溃疡，一般这种情况在蔬果摄入过少的人群中更为常见。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与嘴溃疡有关。如果饮食中肉类、坚果等摄入过少，就可能导致锌元素缺乏，进而增加嘴溃疡的发生风险。
三、免疫系统因素
免疫力下降： 当人体免疫力下降时，比如过度疲劳、感冒发烧等情况下，身体的免疫防御功能减弱，就容易让口腔内的潜在病菌活跃起来，引发口腔溃疡。一般人在连续熬夜后，就可能出现嘴溃疡，这就是因为熬夜导致免疫力下降所致。自身免疫性疾病： 某些自身免疫性疾病也会引起嘴溃疡，比如白塞病，除了口腔溃疡外，还可能伴有眼部病变、生殖器溃疡等症状。