嘴溃疡的成因较多，比如复发性阿弗他溃疡，其发病率较高，有研究显示人群中约10%-25%的人会受到复发性阿弗他溃疡的困扰。
一、局部创伤因素
口腔内异物摩擦： 当牙齿有残根、残冠，或者佩戴不合适的假牙时，这些异物会不断摩擦口腔黏膜，就容易引发嘴溃疡。比如牙齿的锐利边缘长期刺激颊黏膜，经过一段时间后就可能形成溃疡。咬伤口腔黏膜： 有些人吃饭时说话、咀嚼过快，容易咬伤自己的口腔黏膜，若没有及时处理，伤口就可能发展成溃疡。比如在大口吃东西时不小心咬到舌头，若不注意口腔卫生，伤口就易感染形成溃疡。
二、营养缺乏因素
维生素缺乏： 当人体缺乏维生素B族（如B₂、B₁₂等）、维生素C时，就容易出现嘴溃疡。比如长期挑食、节食的人，很可能因为维生素摄入不足而引发嘴溃疡。一般来说，正常成年人每天需要摄入一定量的维生素B族和维生素C来维持口腔黏膜的健康，缺乏时就易出现问题。微量元素缺乏： 像锌、铁等微量元素缺乏也与嘴溃疡有关。锌参与人体很多代谢过程，对维持黏膜的完整性很重要，缺铁时也可能影响口腔黏膜的正常功能，从而增加嘴溃疡的发生风险。例如素食者可能相对更容易出现微量元素缺乏的情况，进而引发嘴溃疡。
三、免疫系统因素
自身免疫反应异常： 当人体免疫系统出现紊乱时，可能会错误地攻击自身的口腔黏膜组织，导致嘴溃疡的发生。比如患有白塞病等自身免疫性疾病时，嘴溃疡往往是常见症状之一，而且可能反复发作，病情相对较复杂。免疫力低下： 当人体免疫力低下时，比如感冒、过度疲劳、睡眠不足等情况下，身体抵御病原体的能力下降，口腔内原本存在的一些潜在病菌就容易活跃起来，引发嘴溃疡。例如长期熬夜的人，免疫力会受到影响，更容易长嘴溃疡。