结肠炎的药物治疗需根据具体类型选择，一般来说，氨基水杨酸制剂是常用的基础药物，如柳氮磺吡啶，约70%左右的轻中度结肠炎患者使用后能得到较好控制。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 适用于轻中度溃疡性结肠炎，它在肠道内分解为磺胺吡啶和5-氨基水杨酸，5-氨基水杨酸可抑制炎症介质的产生。美沙拉嗪： 也是常见的氨基水杨酸制剂，有口服剂型和灌肠剂型，口服美沙拉嗪用于全身作用的结肠炎治疗，灌肠剂型则直接作用于结肠病变部位，局部抗炎效果较好。
糖皮质激素
泼尼松： 对于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中重度结肠炎患者可使用泼尼松。它能迅速减轻炎症反应，但长期使用可能会有较多副作用，如骨质疏松、感染风险增加等。氢化可的松： 重症结肠炎患者有时会用到氢化可的松静脉制剂，通过静脉给药快速发挥抗炎作用，但同样需注意其可能带来的不良反应。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，一般需要服用数月后才逐渐起效。它通过抑制免疫系统的活性来减轻肠道炎症，但可能会引起骨髓抑制等不良反应，需要定期监测血常规等指标。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，使用过程中同样要关注血液系统等方面的不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗： 对于重度难治性结肠炎患者可能会用到生物制剂英夫利西单抗，它是一种抗肿瘤坏死因子α的单克隆抗体，能特异性结合肿瘤坏死因子α，从而发挥抗炎作用，但使用前需要评估患者的感染等情况，因为可能会增加感染的风险。