治结肠炎并没有绝对的最佳药，需根据具体类型和病情等选择。一般来说，氨基水杨酸制剂常用的有柳氮磺吡啶，适用于轻、中度溃疡性结肠炎，大约有超半数的患者使用后症状能得到改善。
氨基水杨酸制剂类
柳氮磺吡啶： 是常用的氨基水杨酸制剂，主要用于轻、中度溃疡性结肠炎的治疗，它能在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸可抑制肠道炎症。美沙拉嗪： 也是氨基水杨酸制剂，有多种剂型，如缓释片、灌肠剂等。对于左半结肠型结肠炎，美沙拉嗪灌肠剂局部作用于肠道炎症部位效果较好；口服剂型则可用于全结肠型结肠炎的治疗。
糖皮质激素
泼尼松： 属于全身性应用的糖皮质激素，适用于氨基水杨酸制剂疗效不佳的中度、重度结肠炎患者。一般开始剂量为每日30 - 60毫克，根据病情逐渐调整剂量。氢化可的松琥珀酸钠： 可用于重度结肠炎的静脉给药，能快速缓解炎症症状，但长期使用可能会有较多副作用，需要密切监测。
免疫抑制剂
硫唑嘌呤： 适用于对糖皮质激素治疗效果不佳或依赖的结肠炎患者，一般需服用数月才可见效。它通过抑制免疫反应来发挥作用，但可能会有骨髓抑制等不良反应，用药期间需定期监测血常规等。巯嘌呤： 作用机制与硫唑嘌呤类似，也可用于结肠炎的治疗，同样要注意监测血液系统等方面的不良反应。
生物制剂
英夫利西单抗： 是一种抗肿瘤坏死因子 - α的生物制剂，对于重度难治性结肠炎有较好的疗效。通常需要静脉给药，初始剂量有一定规范，但使用前需要评估患者的感染等情况，因为可能会增加感染的风险。阿达木单抗： 也是针对肿瘤坏死因子 - α的生物制剂，可用于一些对传统治疗无效的结肠炎患者，给药方式为皮下注射，但也需要关注其可能带来的感染等副作用。