治疗毛囊炎的药物有多种，常用的外用药如莫匹罗星软膏，一般局部涂抹就能起到抗菌消炎的作用，能帮助缓解毛囊炎症状。
外用抗菌药物
莫匹罗星软膏： 这是一种局部外用的抗生素软膏，主要针对革兰阳性球菌引起的皮肤感染，对于毛囊炎常见的金黄色葡萄球菌等有抑制作用。它可以直接涂抹在毛囊炎的患处，能有效减轻炎症、消除红肿。夫西地酸乳膏： 也是外用的抗生素制剂，对引起毛囊炎的细菌有较好的抗菌活性。使用时取适量均匀涂抹于患处，一天可使用数次，能帮助改善毛囊炎的症状。
外用抗真菌药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较适用。它能抑制真菌的生长繁殖，通过抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成发挥作用，涂抹在患处可以缓解因真菌感染引发的毛囊炎症状。特比萘芬乳膏： 同样是针对真菌的外用药物，对皮肤癣菌等有抗菌活性。适用于真菌感染引起的毛囊炎，使用时按照说明书正确涂抹在患处，有助于减轻炎症、消除皮疹等表现。
口服药物情况
抗生素类口服药： 当毛囊炎比较严重，或者外用药物效果不佳时，可能会用到口服抗生素。比如头孢类抗生素（在不过敏的情况下），但使用前需要确定没有头孢类药物过敏史。它可以通过血液循环到达感染部位，发挥抗菌作用来治疗毛囊炎。抗真菌类口服药： 如果是顽固的真菌性毛囊炎，可能会用到口服抗真菌药物，像伊曲康唑等，但这类药物需要在医生的指导下使用，因为它有一定的副作用和用药禁忌，医生会根据患者的具体情况来权衡是否使用以及如何使用。