肛瘘主要是由肛管直肠周围脓肿发展而来，约90%的肛瘘是因肛管直肠周围脓肿自行破溃或切开引流后形成的后遗症。
肛周脓肿引发肛瘘
肛周脓肿未及时处理： 当肛门直肠周围发生感染形成脓肿后，如果脓肿没有得到有效的治疗，比如没有及时切开排脓，脓液就会在局部蔓延，进而形成肛瘘。一般来说，肛周脓肿发病后1 - 2个月左右，很可能会发展为肛瘘。脓肿位置与肛瘘类型相关： 肛周脓肿发生的位置深浅不同，形成的肛瘘类型也不一样。低位肛周脓肿形成的肛瘘相对简单，高位肛周脓肿形成的肛瘘往往比较复杂，处理起来也更棘手。
感染因素导致肛瘘
肠道细菌感染： 肠道内存在大量细菌，正常情况下不会引发疾病，但当肛管直肠部位受到损伤等情况时，肠道细菌就容易侵入周围组织，引起感染，逐步发展成肛瘘。例如，腹泻频繁时，肠道细菌容易刺激肛门周围皮肤和组织，增加感染风险。特殊感染病菌： 像结核杆菌、放线菌等特殊病菌感染，也可能导致肛瘘。比如结核杆菌感染，会使肛管直肠部位出现慢性炎症，长期不愈就容易形成肛瘘，这种情况相对少见，但一旦发生治疗也比较复杂。
其他因素与肛瘘关联
肛门损伤引发： 肛门部位受到外伤，如异物损伤、肛门指检时的意外损伤等，都可能破坏肛门周围组织的完整性，为细菌入侵创造条件，进而引发肛瘘。比如骑跨伤导致肛门周围组织受损，就有可能增加肛瘘的发生几率。克罗恩病等疾病影响： 一些肠道疾病，如克罗恩病，也可能累及肛门直肠部位，引起肛瘘。克罗恩病是一种慢性炎性肉芽肿性疾病，可侵犯胃肠道的任何部位，当累及肛门时，就容易出现肛瘘等并发症，这类患者往往需要综合治疗肠道疾病和肛瘘问题。