三叉神经痛的原因主要与血管压迫、神经损伤及其他疾病有关。据研究，约有90%以上的原发性三叉神经痛是由于颅内血管压迫三叉神经导致的。
血管压迫因素
血管畸形压迫： 颅内的异常血管畸形可能会对三叉神经产生压迫，使得神经传导出现异常，进而引发三叉神经痛。这种血管畸形多在脑部发育过程中形成，会持续对三叉神经造成机械性刺激。动脉硬化血管压迫： 随着年龄增长，动脉硬化的发生率增加，硬化的动脉血管可能会移位并压迫三叉神经。一般在40岁以上人群中，动脉硬化导致血管压迫三叉神经引发疼痛的情况相对较多。
神经损伤因素
手术损伤： 面部一些涉及三叉神经区域的手术，如听神经瘤手术等，如果手术操作不当，可能会损伤三叉神经，从而引发三叉神经痛。据统计，这类因手术损伤导致的三叉神经痛约占所有病例的一定比例。外伤影响： 面部受到严重外伤，比如车祸导致面部受伤，可能会直接或间接损伤三叉神经，引发疼痛。面部外伤后神经修复过程中可能出现异常，进而导致三叉神经痛的发生。
其他疾病因素
肿瘤压迫： 颅内的肿瘤，如脑膜瘤、三叉神经鞘瘤等，会逐渐生长并压迫三叉神经，从而引起三叉神经痛。肿瘤的持续生长会对三叉神经造成持续性的压迫，影响神经正常功能。多发性硬化影响： 多发性硬化是一种中枢神经系统的自身免疫性疾病，会导致神经髓鞘受损，当三叉神经受到影响时，就可能引发三叉神经痛。在患有多发性硬化的患者中，有一定概率出现三叉神经痛的症状。