手足口病后指甲脱落可能是甲母质损伤或是缺钙所致。具体如下：
一、甲母质损伤：手足口病是因肠道病毒感染引起的疾病。患者常出现发烧，手足口腔有散落皮疹及疱疹。病情严重者还会有头痛、呕吐、肢体抖动、呼吸急促，甚至危及生命。如果病情较轻，痊愈后一般不会有指甲脱落现象；但若病情严重，可能损伤甲母质，从而出现指甲脱落，不过大概三个月左右会逐渐长出新指甲，无需过度担忧。
二、缺钙：孩子若有挑食或偏食情况，可能导致体内营养不足。长期缺钙会使指甲脱落，此时需及时补充钙剂，同时服用维生素D辅助治疗，以加快身体对钙的吸收。平时一定要保证营养均衡，避免过度挑食。
总之，手足口病后指甲脱落要考虑是上述两种原因引起，应根据具体情况采取相应措施。