肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。肛腺开口于肛窦，当粪便干结等原因导致肛窦损伤时，就容易引发肛腺感染，进而向周围蔓延形成脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 比如长期腹泻或者便秘，粪便容易刺激肛窦，造成肛窦损伤，进而使得细菌侵入肛腺。据统计，长期便秘人群发生肛周脓肿的风险相对较高，因为干结的粪便反复摩擦肛窦，更容易导致肛窦受损。肛腺阻塞： 肛腺分泌的液体如果排出不畅，就会在腺体内淤积，为细菌繁殖创造了有利条件。像一些患有肠道疾病导致肠道功能紊乱的人，可能会出现肛腺分泌物流出不畅的情况，增加肛周脓肿的发生几率。
自身免疫因素
免疫力低下人群： 比如患有糖尿病的患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，更容易受到细菌感染，包括肛腺部位的感染，从而增加肛周脓肿的发病风险。临床发现，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高出2~3倍。长期使用免疫抑制剂人群： 一些器官移植术后需要长期服用免疫抑制剂的患者，他们的机体免疫力处于较低水平，对细菌的抵御能力减弱，肛腺感染后难以依靠自身免疫力来控制，容易发展成肛周脓肿。
其他感染蔓延因素
肛管直肠周围组织感染蔓延： 比如直肠炎、肛乳头炎等肛管直肠周围组织的感染，炎症可以直接向周围蔓延，波及肛周组织引发脓肿。直肠炎患者如果炎症没有得到有效控制，炎症因子扩散，就可能累及肛周，导致肛周脓肿的形成。血行感染： 虽然相对少见，但也有可能发生。比如身体其他部位的感染病灶，细菌可通过血液循环到达肛周组织，引起感染形成脓肿。不过这种情况发生的概率较低，约占肛周脓肿病因的5%左右。