肛周脓肿主要是由肛腺感染引起的，大约90%的肛周脓肿与肛腺阻塞感染有关。肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦处，肛窦易受粪便损伤而感染，进而累及肛腺。肛腺形成脓肿后，会向周围间隙蔓延，从而引发肛周脓肿。
肛腺感染相关因素
肛窦损伤： 粪便中的异物、粗糙的粪便等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。肛窦损伤后，细菌容易侵入并感染肛腺。肛腺阻塞： 腹泻、便秘等情况可能导致肛窦内分泌物排出不畅，引起肛腺阻塞，分泌物积聚在肛腺内，为细菌繁殖创造了条件，进而引发感染形成脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力下降，更容易发生肛周脓肿，这类人群发生肛周脓肿的概率比正常人高2~3倍。长期使用免疫抑制剂者： 如器官移植后长期服用免疫抑制剂的患者，其身体的免疫防御功能受到抑制，抵御细菌感染的能力减弱，肛周脓肿的发病风险增加。
其他局部因素
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤的疖肿、毛囊炎等感染性病变，若不及时处理，感染可能蔓延至肛周皮下组织，引发肛周脓肿。例如，一些患者因肛门周围皮肤长了小疖肿，未重视，结果发展成了肛周脓肿。肛管直肠损伤： 外伤、内镜检查时的器械损伤等导致肛管直肠受损，细菌容易从损伤部位侵入，引起肛周感染形成脓肿。比如，有过肛管直肠手术史或者接受过肠镜检查后，出现肛周脓肿的情况也时有发生。