肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染相关因素
肛腺解剖特点： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦，而肛窦形似口袋且开口向上，粪便容易积存于此，进而导致肛腺感染。一旦肛腺感染，炎症就会蔓延，从而引发肛周脓肿。局部卫生不佳： 如果不注意肛门局部卫生，比如长时间不清洗肛门，会使得粪便等污垢更容易堆积在肛窦处，增加肛腺感染的几率，进而诱发肛周脓肿。
身体免疫力因素
免疫力低下人群： 像糖尿病患者，由于血糖控制不佳，身体的免疫力会受到影响，容易遭受细菌感染，包括肛腺部位的感染，从而增加发生肛周脓肿的风险。一般来说，糖尿病患者血糖长期高于正常范围（空腹血糖>7.0mmol/L，餐后2小时血糖>11.1mmol/L）时，更易出现这种情况。长期服用免疫抑制剂者： 比如器官移植后需要长期服用免疫抑制剂来防止排异反应的患者，他们的身体免疫力被抑制，对细菌等病原体的抵御能力下降，肛腺感染后就更容易发展成肛周脓肿。
其他相关因素
肛门损伤： 肛门部位受到外伤，例如被异物划伤、进行肛门检查时操作不当等，会使肛门局部的皮肤或黏膜受损，细菌就容易侵入受损部位，引发感染，进而导致肛周脓肿。如果是较为严重的肛门损伤，感染风险会进一步升高。肛周皮肤病： 患有肛周湿疹、银屑病等肛周皮肤病时，皮肤的屏障功能受到破坏，细菌容易在局部滋生繁殖，感染肛腺后可能引发肛周脓肿。比如肛周湿疹患者，皮肤常处于潮湿、瘙痒的状态，搔抓后皮肤破损，更有利于细菌感染。