微创腰椎手术相对传统手术后遗症发生率较低，但仍可能存在一些情况。一般来说，其后遗症发生率在5%~10%左右。
神经损伤方面
神经根损伤：在微创腰椎手术中，有可能出现神经根损伤情况。虽然概率较低，约1%~2%，但可能导致下肢麻木、疼痛等症状，不过多数通过康复治疗可逐渐改善。硬膜囊损伤：硬膜囊损伤的发生率约为0.5%~1%，可能会引起脑脊液漏等问题，表现为头痛等症状，严重时需要进一步处理。
感染问题
切口感染：切口感染的发生率相对较低，大约在1%~3%。如果发生切口感染，会出现切口红肿、疼痛、渗液等情况，需要进行抗感染治疗，严重时可能影响手术效果。深部组织感染：深部组织感染更为少见，发生率约0.1%~0.5%，一旦发生可能需要较长时间的治疗，甚至可能导致手术失败，需要通过抗生素治疗以及可能的再次手术来处理。
腰椎稳定性相关
腰椎不稳：少数患者在微创腰椎手术后可能出现腰椎不稳情况，尤其是本身腰椎退变较严重的患者，发生率约2%~4%。可能表现为腰部酸痛、活动受限等，严重时可能需要进一步的手术干预来重建腰椎稳定性。相邻节段退变加速：有研究显示，微创腰椎手术后相邻节段退变加速的发生率约为5%~8%，随着时间推移，相邻节段的椎间盘可能会出现退变加重的情况，进而引起相应的腰部及下肢症状。