腰椎微创手术相对传统手术后遗症发生率较低，但仍可能存在一些情况。一般来说，腰椎微创手术的后遗症发生率约在5%~10%左右。
神经损伤相关后遗症
硬膜外血肿： 虽然发生概率较低，约为1%左右，但如果血肿较大可能会压迫神经，导致下肢麻木、无力甚至大小便失禁等症状。不过通过及时发现和处理，大部分可以改善。神经根损伤： 手术中可能因操作刺激或解剖变异等原因导致神经根损伤，表现为手术部位相邻节段的肢体放射性疼痛、麻木，一般在术后数周内可能逐渐恢复，但也有少数人会遗留长期的轻微不适。
感染相关后遗症
切口感染： 发生率相对较低，约在1%~3%。如果发生切口感染，会出现切口红肿、疼痛、渗液等情况，严重时可能需要清创引流等处理，恢复时间也会延长。深部组织感染： 这种情况更为罕见，约为0.5%以下，但一旦发生后果较严重，可能会引起脊柱周围组织的感染，导致发热、脊柱疼痛加剧等，需要长时间使用抗生素治疗甚至再次手术干预。
脊柱稳定性相关后遗症
相邻节段退变加速： 腰椎微创手术后，虽然对手术节段的稳定性有一定重建，但可能会导致相邻节段的椎间盘等组织承受应力增加，从而加速退变，一般在术后数年可能逐渐出现腰痛等症状，有研究显示约有10%左右的患者在术后5~10年可能出现相邻节段的明显退变需要进一步处理。脊柱僵硬： 少数患者术后可能因手术区域的炎症反应等导致脊柱活动度稍有下降，出现腰部活动不灵活的情况，但一般不影响正常生活，通过康复锻炼大多可以改善。
其他少见后遗症
脑脊液漏： 发生率约为0.5%左右，表现为术后头痛、头晕等症状，平卧时减轻，站立或坐立时加重。一般通过卧床休息、补液等保守治疗大多能在1~2周内恢复，少数严重的可能需要手术修补脑脊液漏。栓塞相关： 虽然非常罕见，但在微创手术中使用器械等操作可能存在极少量的血管栓塞风险，不过随着手术技术的提高，这种情况发生概率极低。