微创腰椎手术相对传统手术创伤小，但仍可能出现一些后遗症。一般来说，其发生概率约为5%~10%。
神经损伤相关后遗症
神经根损伤：可能导致下肢的麻木、疼痛等症状，这是因为手术操作过程中可能会对神经根产生一定影响。比如在减压过程中，操作不当就可能损伤神经根，轻者可能在术后几周内逐渐恢复，重者可能长时间难以恢复。马尾神经损伤：较为严重的情况，会出现会阴部感觉异常、二便功能障碍等，不过这种情况发生概率较低，约为1%左右，但一旦发生对患者生活影响较大。
感染相关后遗症
切口感染：发生概率大概在1%~3%。术后切口可能会出现红、肿、热、痛等症状，如果感染较轻，经过抗感染治疗等可能逐渐愈合；但如果感染较重，可能需要再次清创等处理，会延长恢复时间。深部组织感染：相对少见，约为0.5%以下，但一旦发生，治疗较为复杂，可能需要长期使用抗生素，甚至影响手术效果，导致腰椎稳定性等问题。
腰椎稳定性相关后遗症
腰椎不稳：术后可能因为手术对腰椎周围结构的影响，导致腰椎稳定性下降。一般在术后几个月内可能逐渐出现腰部酸痛等症状，尤其是在腰部活动较多时。有研究表明，约有2%~5%的患者会出现不同程度的腰椎不稳情况。相邻节段退变加速：微创腰椎手术可能会影响相邻节段的力学环境，导致相邻节段退变加速。比如原本相邻节段退变可能需要较长时间才会明显表现，术后可能在1~2年内就出现相应节段的疼痛、活动受限等退变相关症状。
术后复发相关后遗症
椎间盘再突出：虽然微创腰椎手术相对传统手术复发率低，但仍有一定概率，大约在3%~8%左右。如果术后患者不注意休息，过早进行重体力劳动等，就可能导致椎间盘再次突出，出现腰痛伴下肢放射痛等症状。椎管内粘连：手术过程中可能会引起椎管内组织粘连，进而影响神经功能，出现下肢麻木、无力等症状，粘连严重时可能需要再次手术松解粘连组织。