腰椎微创术后可能出现一些后遗症，比如神经损伤相关的后遗症，据临床统计，大约有1% - 2%的患者在腰椎微创术后可能出现短暂的下肢麻木、无力等神经轻度损伤情况，多可在数月内逐渐恢复，但也有少数患者可能遗留长期的轻微神经功能障碍。
感染相关后遗症
局部感染：腰椎微创术后若护理不当等情况，有可能发生局部切口感染，表现为切口处红肿、疼痛、有渗出等。一般通过及时的抗感染治疗，大部分可以控制，但少数严重感染可能会影响手术效果，导致恢复时间延长。深部组织感染：相对少见，但一旦发生后果较严重，可能引发腰椎周围组织的炎症，甚至影响腰椎的稳定性，需要长时间的抗感染及相应治疗。
腰部不适相关后遗症
腰部疼痛复发：约有5% - 10%的患者在腰椎微创术后一段时间可能出现腰部疼痛复发的情况，可能是因为手术节段相邻椎体退变等原因，虽然是微创手术，但仍可能存在这种情况。患者会感觉腰部又出现酸痛、胀痛等不适，影响日常活动。腰部活动受限：部分患者术后可能出现腰部活动范围减小的情况，比如弯腰、扭转等动作受限，这可能与术后局部组织粘连、瘢痕形成等因素有关。一般通过康复锻炼有一定改善可能，但恢复程度因人而异。
其他潜在后遗症
脑脊液漏：在腰椎微创术中，如果损伤到硬膜囊，就有可能出现脑脊液漏的情况，发生率约为0.5%左右。表现为术后头痛，平卧时减轻，坐起、站立时加重等。多数脑脊液漏可通过保守治疗逐渐愈合，但少数严重的脑脊液漏可能需要再次手术处理。器械相关问题：虽然微创术后器械相关问题较少，但极少数可能出现内固定相关的异常情况，比如微创使用的一些器械部件发生移位等，但相对非常罕见。