三个月婴儿发烧时，可以采用以下五种物理降温方法：
1.减少衣物：发烧时，适当减少婴儿的衣物，以帮助身体散热。
2.温水擦拭：用温水擦拭婴儿的颈部、腋窝、肘窝、腹股沟等部位，促进散热。
3.多喝水：让婴儿多喝水，以补充因发烧而流失的水分。
4.冷敷：用冷毛巾或冰袋敷在婴儿的额头或颈部，帮助降低体温。
5.调整环境温度：保持室内温度适宜，避免过热。
需要注意的是，如果婴儿发烧超过38.5°C，或出现精神萎靡、呼吸急促等异常症状，应及时就医。同时，在使用物理降温方法时，要注意保持婴儿的皮肤清洁和干燥，避免着凉。