胃肠功能失调时，可根据不同情况选择药物。比如调节胃肠动力的多潘立酮，能促进胃肠蠕动，一般可缓解因胃肠动力不足导致的消化不良等问题。不过用药需谨慎，不同情况用药有差异。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 可促进胃肠蠕动，帮助改善消化不良、腹胀等症状，能加速胃排空，一般适用于因胃肠动力不足引起的不适，但需注意不是所有人都能随意用。莫沙必利： 也是促进胃肠动力的药物，通过兴奋5-羟色胺受体，增强胃肠蠕动，对改善腹胀、早饱等有一定作用，不过使用时要遵循医嘱。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌等多种有益菌，能调节肠道菌群平衡，改善因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘等问题。一般来说，儿童等特殊人群使用时要注意剂量等情况。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 可抑制有害菌生长，调整肠道菌群，对肠道功能紊乱有一定的调节作用，在使用时要注意储存条件等。
抑制胃酸分泌类药物
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于胃肠功能失调伴有胃酸过多引起的胃痛、反酸等有缓解作用。但要注意长期使用可能存在一些潜在影响，且不同人群使用需谨慎评估。兰索拉唑： 同样是抑制胃酸分泌的药物，作用机制与奥美拉唑类似，可用于缓解胃酸相关的胃肠不适症状，但也有其适用和禁忌情况。
缓解胃肠痉挛类药物
颠茄片： 能解除胃肠痉挛，缓解胃肠绞痛等症状。不过儿童、老人等特殊人群使用时要格外注意，比如儿童使用剂量要严格按照儿童体重等计算。山莨菪碱： 也可用于缓解胃肠痉挛，改善胃肠痉挛引起的疼痛等，但使用时需注意可能出现的不良反应等情况。