肠道功能失调可以使用一些调节肠道菌群的药物来改善，比如双歧杆菌四联活菌片，一般通过调节肠道菌群平衡来缓解肠道功能失调相关症状。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等多种有益菌，能补充肠道有益菌群，调节肠道菌群失调，改善肠道功能。枯草杆菌二联活菌颗粒： 可直接补充正常生理活菌，抑制肠道内有害细菌过度繁殖，调整肠道菌群，对肠道功能失调有一定调节作用。
促进胃肠动力类药物
多潘立酮片： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，缓解因胃肠动力不足导致的肠道功能失调相关症状，如腹胀、早饱等，但孕妇慎用。莫沙必利片： 选择性地促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良、肠道功能失调引起的相关症状，老年人使用时需密切观察。
缓解腹泻或便秘的药物
蒙脱石散： 对消化道内的病毒、细菌及其产生的毒素等有固定、抑制作用，能保护肠道黏膜，可用于肠道功能失调引起的腹泻症状，儿童可按剂量服用。乳果糖口服溶液： 用于调节结肠的生理节律，治疗慢性或习惯性便秘，适用于肠道功能失调导致便秘的情况，但糖尿病患者需慎用。当出现肠道功能失调时，首先应注意调整饮食结构，保持规律作息。若症状持续不缓解或加重，应及时就医，在医生指导下合理用药，不要自行盲目用药，特别是一些特殊人群，如儿童、孕妇、老年人等，更要谨慎选择药物，避免因不当用药加重肠道功能失调或引发其他不良反应。