胃肠功能失调可以使用一些调节胃肠动力、改善消化的药物，比如多潘立酮、莫沙必利等。一般来说，这些药物能在一定程度上缓解胃肠功能失调带来的不适，但具体用药需根据个体情况而定。
调节胃肠动力类药物
多潘立酮： 属于外周多巴胺受体拮抗剂，能直接作用于胃肠壁，增加食管下部括约肌张力，防止胃食管反流，增强胃蠕动，促进胃排空，协调胃与十二指肠运动，一般可用于缓解消化不良、腹胀、嗳气等胃肠功能失调症状。莫沙必利： 是选择性5-羟色胺4（5-HT4）受体激动剂，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善功能性消化不良伴有胃灼热、嗳气、恶心、呕吐、早饱、上腹胀等胃肠功能失调症状。
助消化类药物
乳酶生： 为活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用，可用于消化不良、肠功能紊乱引起的腹泻等胃肠功能失调情况。健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，具有健胃消食的功效，用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等胃肠功能失调引发的不适。
调节肠道菌群类药物
双歧杆菌四联活菌片： 含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌、粪肠球菌、蜡样芽孢杆菌等肠道有益菌，可直接补充正常生理细菌，调整肠道菌群平衡，抑制并清除肠道中对人具有潜在危害的细菌，适用于因肠道菌群失调引起的腹泻、便秘、功能性消化不良等胃肠功能失调问题。地衣芽孢杆菌活菌胶囊： 以活体地衣芽孢杆菌为主要成分，进入肠道后，对葡萄球菌、酵母样菌等致病菌有拮抗作用，而对双歧杆菌、乳酸杆菌、拟杆菌、消化链球菌有促进生长作用，从而可调整肠道菌群失调，改善胃肠功能。