肛周脓肿主要是肛腺感染引发的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染所致。
肛腺感染引发
肛腺位置： 肛腺位于直肠肛管周围，开口在肛窦处，肛窦易受粪便损伤引发感染，进而波及肛腺。比如粪便干结划伤肛窦，就可能让细菌侵入肛腺。感染蔓延： 肛腺感染后会向周围组织蔓延，形成肛周脓肿。感染若得不到及时控制，炎症会不断扩散，在肛管直肠周围的间隙形成脓肿。
肛周皮肤感染导致
皮肤损伤因素： 肛周皮肤受到外伤，像肛门部位被异物划伤、受粪便刺激等，都可能让细菌侵入皮肤引发感染。比如久坐导致肛周皮肤长期受压迫，再加上局部潮湿，就容易破损感染。病菌入侵： 常见的病菌如大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等会趁皮肤破损时入侵，引发感染并逐步发展成肛周脓肿。比如金黄色葡萄球菌感染肛周皮肤后，就可能引发局部的炎症反应，进而形成脓肿。
身体免疫力低下所致
免疫力下降表现： 当人体免疫力低下时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂，身体抵御病菌的能力减弱。像糖尿病患者血糖控制不佳时，免疫力相对较低，容易遭受病菌侵袭。感染易感性： 免疫力低下的人更容易受到病菌感染，一旦有病菌侵入肛周部位，就较难依靠自身免疫力将其清除，从而增加了肛周脓肿的发病风险。例如，长期使用糖皮质激素的患者，免疫力受到抑制，肛周感染后就容易发展成肛周脓肿。