肛周脓肿主要是肛腺感染引起的，约90%的肛周脓肿由肛腺阻塞感染导致。肛腺开口在肛窦处，若肛窦受粪便等异物刺激发生炎症，就会阻塞肛腺导管，使得肛腺内分泌物引流不畅，从而引发感染，进而向周围组织蔓延形成脓肿。
肛窦感染引发
肛窦损伤： 粪便中的硬物等容易损伤肛窦，据统计，约有80%的肛周脓肿患者存在肛窦损伤情况。一旦肛窦受损，细菌就容易侵入，引发炎症。比如经常便秘的人，大便干结粗硬，排便时很容易擦伤肛窦。肛窦炎症蔓延： 肛窦发炎后，如果没有得到及时有效的控制，炎症会向周围扩散。炎症会沿着肛腺导管向肛腺蔓延，导致肛腺感染化脓，然后脓液向周围的肛周组织扩散，形成肛周脓肿。
肛门周围皮肤感染所致
皮肤破损感染： 肛门周围皮肤如果有擦伤、裂伤等破损情况，细菌就有可乘之机。像搔抓肛门周围皮肤导致破损，或者肛周皮肤受外伤等，细菌侵入后就可能引发感染，进而发展为肛周脓肿。据临床观察，因肛门周围皮肤破损引发肛周脓肿的占比约为10%。毛囊炎及疖肿蔓延： 肛门周围的毛囊如果发生炎症形成毛囊炎，或者疖肿，炎症可能会向深部组织蔓延，从而引起肛周脓肿。比如平时不注意肛门周围皮肤清洁，毛囊容易被细菌感染，进而可能发展成肛周脓肿。
全身性疾病影响
糖尿病患者： 糖尿病患者由于血糖控制不佳，身体抵抗力相对较低，容易受到细菌感染。据研究，糖尿病患者发生肛周脓肿的概率比正常人高2 - 3倍。高血糖环境有利于细菌生长繁殖，一旦肛门周围有轻微感染，就容易扩散形成肛周脓肿。免疫功能低下者： 比如长期服用免疫抑制剂的患者，或者患有艾滋病等免疫缺陷疾病的人，自身免疫功能受到影响，对细菌的抵御能力下降，容易发生肛周脓肿。这类人群发生肛周脓肿后，病情往往相对较重，治疗也比较棘手。