肛周脓肿主要是由肛腺感染引发的，约90%的肛周脓肿是因肛腺阻塞感染导致。
肛腺感染相关因素
肛腺解剖特点： 肛腺开口于肛管直肠交界处的肛窦，而肛窦形似口袋，容易积存粪便，一旦粪便中的细菌入侵肛腺，就容易引发感染。比如长期便秘的人，粪便干结容易擦伤肛窦，增加细菌感染肛腺的风险。免疫力低下： 当人体免疫力下降时，比如患有糖尿病且血糖控制不佳的人，身体抵抗细菌的能力减弱，肛腺感染后就更难自行恢复，容易发展成肛周脓肿。艾滋病患者由于免疫系统受损，也是肛周脓肿的高发人群之一。
肛门周围组织病变影响
肛门周围皮肤感染： 肛门周围皮肤如果有破损，比如被尖锐异物划伤，细菌就可能从破损处侵入，进而感染周围组织引发肛周脓肿。像经常久坐且不注意肛门清洁，皮肤容易出现微小破损，就增加了感染风险。肛瘘引发： 肛瘘是肛周脓肿的后遗症之一，而肛瘘本身也可能成为新的感染源，导致肛周脓肿反复发作。肛瘘患者的瘘管内长期存在感染病灶，会不断刺激周围组织，容易再次引发脓肿。
其他因素影响
饮食因素： 长期大量食用辛辣刺激性食物，如辣椒、花椒等，会刺激肛门直肠部位的血管，导致血管扩张、充血，局部抵抗力下降，容易诱发肛周脓肿。有研究表明，长期偏好辛辣饮食的人群，肛周脓肿的发生率比饮食清淡的人群高出约30%。不良排便习惯： 长时间蹲厕所看书、玩手机等，会使肛门直肠部位长时间处于充血状态，增加肛腺感染的几率。另外，腹泻也会频繁刺激肛窦，导致肛腺感染，进而引发肛周脓肿。比如每天腹泻3次以上，持续2周以上，就会明显提高肛周脓肿的发病风险。