正常情况下，怀孕早期通常不会出现褐色分泌物，所以怀孕45天出现褐色分泌物的孕妇，一般是异常病因所致，比如先兆流产、胚胎停育、宫外孕，也可能是宫颈息肉导致的少量出血。
一、先兆流产：
1.在怀孕45天时，若宫腔内环境不佳、黄体功能不足，或是胎儿染色体异常、孕妇吸烟、酗酒等，都可能引发先兆流产，进而出现阴道少量褐色分泌物流出，并伴有腹部隐痛现象。通常需要遵医嘱服用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等进行保胎治疗，必要时则要及时行清宫术终止妊娠。
二、胚胎停育：
1.多因病毒感染、黄体功能不全、喝酒、抽烟、胚胎染色体异常、接触辐射等因素，导致胚胎在宫腔内停止发育，从而使少量蜕膜组织脱落，出现褐色分泌物排出，且随着时间推移，可能会出现突发性的阴道大量流血现象。一般通过B超检查来判断，确诊后要尽早终止妊娠，以免影响下次怀孕，可遵医嘱使用米索前列醇片或刮宫术等方法。
三、宫外孕：
1.多由于输卵管发育不良或功能异常，或是有输卵管绝育史及手术史等情况，使受精卵在宫腔以外的地方发育，宫腔外生长环境不佳，可能引起少量流血而导致阴道出现褐色分泌物流出。一般检查彩超时会发现宫腔内没有孕囊，而宫腔外有异常包块。通常可遵医嘱使用甲氨蝶呤注射液，促使胚胎组织坏死、脱落，或者采用腹腔镜微创手术治疗。
四、宫颈息肉：
1.多因慢性炎症反应、宫颈感染、雌激素水平升高等原因，导致原本的宫颈息肉增长并引起局部出血，一般出血量较少，可表现为阴道有褐色分泌物现象。一般做妇科内检才能发现是宫颈息肉在出血，建议等到怀孕3个月后，进行宫颈息肉摘除术治疗。
建议孕妇在发现怀孕45天有阴道褐色分泌物现象时，要及时到医院进行相关检查，明确病因后及时治疗，以免延误病情。