肛门肿痛可能由多种原因引起。一般来说，常见的导致肛门肿痛的原因包括肛周感染性疾病、肛门周围皮肤病以及肛肠其他疾病等。
肛周感染性疾病相关
肛周脓肿：
肛腺感染引发：肛腺开口于肛窦，当肛窦受损伤或被细菌感染时，细菌可侵入肛腺，引起肛腺炎，进而向肛周间隙蔓延形成脓肿。一般来说，肛周脓肿发病较急，肛周会出现持续性疼痛，且疼痛会随炎症加重而加剧，病变处有明显红肿、触痛。肛瘘继发感染：肛瘘是肛管或直肠与肛周皮肤相通的肉芽肿性管道，肛瘘外口会反复流出少量脓性、血性、黏液性分泌物，当分泌物刺激肛周皮肤时可引起瘙痒，若引流不畅，就会导致急性炎症发作，出现肛门肿痛，同时局部可触及硬结，有压痛。
肛门周围皮肤病相关
肛周湿疹：
过敏与刺激因素：接触某些致敏物质，如化纤内裤、卫生巾等，或局部长期处于潮湿环境，都可能引发肛周湿疹。主要表现为肛门周围皮肤瘙痒剧烈，因搔抓可出现皮肤红斑、肿胀、糜烂、渗出，进而导致肛门肿痛，患者会不自觉地搔抓肛周皮肤，加重症状。
肛周神经性皮炎：
神经因素与精神因素：精神紧张、焦虑、抑郁等精神因素，以及胃肠道功能障碍、内分泌失调等都可能诱发肛周神经性皮炎。病变部位皮肤苔藓样变，皮肤增厚、粗糙，有明显瘙痒，反复搔抓后皮肤破损，可引起肛门肿痛，且瘙痒会因搔抓而愈发严重，形成恶性循环。
肛肠其他疾病相关
痔疮：
内痔嵌顿：内痔脱出肛门外不能回纳时，会导致静脉回流受阻，发生血栓、水肿，引起剧烈疼痛，患者会感觉肛门有肿物脱出，且疼痛较为明显，还可能伴有便血。
肛裂：
便秘与机械损伤：长期便秘，大便干结，排便时用力过度，容易造成肛管皮肤全层裂开，形成肛裂。主要症状为排便时肛门剧烈疼痛，呈刀割样或烧灼样，排便后疼痛可暂时缓解，但随后因肛门括约肌痉挛又会出现长时间的剧痛，同时可伴有便血，便血一般量较少，鲜红色。