子宫内膜异位的原因目前还不完全明确，不过有几个主要因素。其中，经血逆流是比较重要的一个原因，据研究，约有10% - 15%的女性存在经血逆流现象，子宫内膜组织随着经血通过输卵管逆流到盆腔，就可能在盆腔等部位种植生长，从而引发子宫内膜异位。
遗传因素：
遗传易感性在子宫内膜异位的发病中起到一定作用。如果家族中有亲属患有子宫内膜异位症，那么女性患病的风险会有所增加。有研究发现，患者一级亲属的发病风险比普通人群高7 - 10倍。也就是说，如果母亲或姐妹患有子宫内膜异位症，那么其他女性患该病的几率相对更高。
免疫炎症因素：
自身免疫系统异常也与子宫内膜异位相关。人体的免疫系统通常可以清除异位的子宫内膜组织，但当免疫系统出现缺陷时，就无法有效清除这些异位的内膜细胞，导致它们在盆腔等部位存活并生长。同时，炎症反应也参与其中，异位的子宫内膜会引发局部炎症反应，促使更多的炎症因子释放，进一步促进异位内膜的种植和生长。
医源性因素：
一些医源性操作也可能导致子宫内膜异位。比如剖宫产手术，在剖宫产过程中，子宫内膜组织可能会种植在手术切口处，从而引发腹壁子宫内膜异位症。还有人工流产手术，不当的人工流产可能会使宫腔内压力改变，导致子宫内膜组织逆流到盆腔，增加子宫内膜异位的发生几率。另外，输卵管通液等宫腔操作，如果操作不当，也可能将子宫内膜组织带至盆腔，引发异位种植。