子宫内膜异位症的发生与多种因素相关。目前认为，子宫内膜种植学说被广泛认可，大约10% - 15%的育龄女性患有子宫内膜异位症。
经血逆流种植
经期子宫收缩异常：女性在月经期间，子宫的收缩如果出现异常情况，就可能导致经血中的子宫内膜碎片逆流。正常情况下，经血是从子宫经宫颈、阴道排出体外，但当子宫收缩不协调时，内膜碎片就有可能通过输卵管逆流进入盆腔。例如，一些女性由于先天性的子宫发育异常，或者后天的一些妇科疾病影响了子宫收缩，使得经血逆流的风险增加。盆腔免疫功能异常：当盆腔的免疫功能出现异常时，对逆流到盆腔的子宫内膜碎片的清除能力就会下降。正常的免疫系统能够识别并清除异位的子宫内膜组织，但如果免疫监视功能出现问题，就无法有效清除这些异位的内膜，从而导致子宫内膜在盆腔内种植生长，逐渐形成子宫内膜异位症。
体腔上皮化生
腹膜间皮细胞化生：腹膜的间皮细胞具有潜在的化生能力。在一些刺激因素的作用下，比如炎症刺激等，腹膜的间皮细胞可能会化生为子宫内膜样组织。研究发现，长期的慢性盆腔炎症等情况可能会促使腹膜间皮细胞发生这种化生，进而发展为子宫内膜异位症。卵巢表面上皮化生：卵巢表面的上皮细胞也存在化生的可能。当受到一些内分泌因素或者局部微环境变化的影响时，卵巢表面上皮可能化生为子宫内膜组织。例如，体内雌激素水平的波动等因素，可能会诱导卵巢表面上皮向子宫内膜样组织转化，从而引发子宫内膜异位症。
遗传因素
家族聚集性：子宫内膜异位症具有一定的家族聚集性。如果女性的一级亲属（如母亲、姐妹）患有子宫内膜异位症，那么她患该病的风险比正常人群要高。研究表明，遗传因素可能通过影响个体的一些基因表达，从而增加患子宫内膜异位症的易感性。比如某些与子宫内膜细胞黏附、侵袭相关的基因发生突变或表达异常时，就可能导致子宫内膜异位症的发生风险增加。基因多态性：多个基因的多态性与子宫内膜异位症的发生相关。例如，一些与免疫调节、细胞黏附等功能相关的基因的多态性变化，会影响身体对子宫内膜组织的处理和反应，进而影响子宫内膜异位症的发生。目前已经发现了一些与子宫内膜异位症相关的基因位点，它们的多态性差异可能决定了个体患子宫内膜异位症的风险高低。