扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起的，其中细菌感染和病毒感染是常见原因。比如A组乙型溶血性链球菌是引发扁桃体发炎较为常见的细菌病原体，而病毒感染中，像鼻病毒、腺病毒等都可能导致扁桃体发炎，儿童时期扁桃体发炎的发生率相对较高，有数据显示儿童时期扁桃体发炎的患病率能达到一定比例。
细菌感染引发
溶血性链球菌感染： 溶血性链球菌是导致扁桃体发炎的常见细菌之一。这种细菌常通过飞沫传播等途径进入人体，当人体抵抗力下降时，它就容易在扁桃体部位定植繁殖，引发炎症反应，出现扁桃体红肿、疼痛等症状。葡萄球菌感染： 金黄色葡萄球菌等葡萄球菌也可能引起扁桃体发炎。葡萄球菌可以从口腔等部位侵入扁桃体，引发局部的感染性炎症，导致扁桃体出现红肿、化脓等情况。
病毒感染引发
腺病毒感染： 腺病毒是引起扁桃体发炎的病毒之一。腺病毒感染具有一定的传染性，可通过接触被污染的物品或者飞沫传播。感染腺病毒后，扁桃体容易受到影响，出现发炎的表现，可能伴有发热等症状。鼻病毒感染： 鼻病毒感染也可能累及扁桃体，引发扁桃体发炎。鼻病毒通常在人群密集的地方容易传播，当人体感染鼻病毒后，免疫系统会对其进行应答，而扁桃体作为免疫器官之一，就可能出现炎症反应，导致扁桃体红肿等情况。
免疫力低下因素
儿童免疫力特点： 儿童的免疫系统尚未完全发育成熟，相对成年人更容易受到病原微生物的侵袭。例如3岁以下的幼儿，扁桃体发炎的概率相对较高，因为他们的免疫力相对较弱，抵御细菌和病毒的能力较差，所以更易发生扁桃体发炎。老年人免疫力下降： 老年人随着年龄增长，免疫力会逐渐下降。老年人本身各器官功能衰退，免疫系统功能也不例外，这使得他们更容易遭受病原微生物的感染，包括细菌和病毒等，从而增加了扁桃体发炎的风险。