扁桃体发炎主要是由病原微生物感染引起，其中细菌感染以A组乙型溶血性链球菌最为常见，病毒感染则以腺病毒较为多见。比如，在儿童和青少年群体中，由A组乙型溶血性链球菌引发扁桃体发炎的情况较为普遍。
病原体感染因素
细菌感染： A组乙型溶血性链球菌是导致扁桃体发炎的常见细菌病原体。这种细菌容易在人体抵抗力下降时侵入扁桃体，引发炎症反应，出现扁桃体红肿、疼痛等症状。例如，在学校等人群密集场所，儿童之间相互接触，很容易传播A组乙型溶血性链球菌，从而引发扁桃体发炎。病毒感染： 腺病毒也是引发扁桃体发炎的重要病毒之一。腺病毒感染引起的扁桃体发炎，往往会伴有发热、咽痛等症状，而且具有一定的传染性，可通过飞沫、接触等途径传播。像在一些流感季节，腺病毒感染导致的扁桃体发炎病例会有所增加。
自身抵抗力因素
过度劳累： 当人体过度劳累时，身体的免疫力会下降，此时就容易受到病原体的侵袭，包括细菌和病毒等，从而增加扁桃体发炎的风险。比如，长时间连续熬夜工作或学习的人，身体处于疲劳状态，扁桃体就更容易发炎。营养不良： 如果日常饮食中营养摄入不均衡，缺乏维生素等营养物质，会使身体的抵抗力降低，进而容易引发扁桃体发炎。例如，长期挑食、偏食的人，由于营养摄入不足，扁桃体的防御能力会减弱，容易受到病原体攻击。
环境因素影响
季节变化： 在季节更替的时候，气温变化较大，人体容易适应不良，尤其是在秋冬季节和冬春季节交替时，气温忽高忽低，扁桃体容易受到刺激，增加发炎的几率。比如，天气转凉时，如果没有及时添加衣物，身体受凉后，扁桃体的血管收缩，局部抵抗力下降，就容易被病原体感染引发发炎。空气污染： 长期处于空气污染较为严重的环境中，空气中的有害颗粒、病菌等会刺激扁桃体，导致扁桃体发炎的可能性增加。例如，在工业污染严重的地区或者雾霾天气较多的城市，人们吸入过多的污染物后，扁桃体受到刺激，发炎的情况较为常见。