阴囊的毛根下有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.正常的毛囊：阴囊上有很多毛囊，这些毛囊可能会出现凸起的小疙瘩，这是正常的生理现象，不需要特殊处理。
2.皮脂腺异位症：皮脂腺异位症是一种皮脂腺疾病，可能会导致阴囊上出现黄色或白色的小疙瘩，通常没有症状，也不需要治疗。
3.传染性软疣：传染性软疣是由传染性软疣病毒感染引起的一种传染性皮肤病，可表现为半球形丘疹，中央有脐凹，可挤出白色乳酪样物质。
4.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的一种性传播疾病，主要通过性接触传播。尖锐湿疣可表现为肛门、外生殖器等部位的疣状赘生物，可逐渐增大、增多。
5.阴囊湿疹：阴囊湿疹是一种过敏性皮肤病，可表现为阴囊皮肤的红斑、丘疹、水疱、渗出、结痂、脱屑等，伴有瘙痒。
6.其他：阴囊的毛根下有小疙瘩还可能是皮脂腺囊肿、脂肪瘤、疥疮等原因引起。
如果阴囊的毛根下有小疙瘩，伴有疼痛、瘙痒、红肿等症状，或者小疙瘩持续不消失或逐渐增大，建议及时就医，明确诊断后进行治疗。同时，要注意保持阴囊清洁干燥，避免搔抓和摩擦，避免穿过紧的内裤。