阴囊毛根下有小疙瘩可能是正常的生理结构，也可能是疾病引起，如毛囊炎、皮脂腺囊肿、传染性软疣、尖锐湿疣等，还可能是疥疮、湿疹、扁平苔藓等疾病的表现。建议及时就医，明确诊断后进行针对性治疗。
阴囊的毛根下有小疙瘩，可能是以下原因引起：
1.正常的生理结构：阴囊皮肤上有许多汗腺和皮脂腺，这些腺体的开口可能会出现一些小疙瘩，这是正常的生理现象。
2.毛囊炎：如果局部皮肤受到细菌感染，可能会引发毛囊炎，导致毛囊根部出现红肿、疼痛的小疙瘩。
3.皮脂腺囊肿：皮脂腺分泌旺盛时，可能会导致皮脂腺导管堵塞，形成皮脂腺囊肿，表现为皮下肿物，质地较硬，无明显压痛。
4.传染性软疣：这是一种由痘病毒感染引起的传染性皮肤病，可在阴囊皮肤上出现半球形丘疹，中央有脐凹，能挤出乳酪样物质。
5.尖锐湿疣：主要通过性接触传播，是一种由人乳头瘤病毒感染引起的性病，可在阴囊、阴茎等部位出现乳头状、菜花状的赘生物。
6.其他：阴囊的毛根下有小疙瘩还可能是疥疮、湿疹、扁平苔藓等疾病的表现。
如果发现阴囊的毛根下有小疙瘩，建议及时就医，医生会根据具体情况进行诊断和治疗。在没有明确诊断之前，不要自行挤压或搔抓疙瘩，以免加重病情或引起感染扩散。同时，要注意保持局部清洁，避免穿紧身内裤，避免长时间久坐。