大便时肛门疼可能由多种原因引起，包括肛裂、痔疮以及肛腺感染等。
一、肛裂：若大便过于干结，在排便时可能会导致肛管皮肤被撑裂而出现肛管裂损，进而引发肛裂，从而出现排便时肛门疼痛以及排便后肛门依然疼痛的情况。
二、痔疮：对于患有痔疮的患者，倘若存在排便困难或便秘的问题，痔核就会反复脱出肛门，而脱出后如果无法及时还纳，或者形成血栓，就极有可能导致肛门出现剧烈疼痛。
三、肛腺感染：如果肛窦开口朝上，那么肛腺就容易遭受感染，当感染向肛门及肛管附近扩散蔓延时，就有可能形成肛周脓肿，此时在大便时这种肛门处的疼痛会加剧，且有明显的疼痛感。
总之，当出现大便时肛门疼的情况时，需要考虑这些可能的原因，并及时就医进行诊断和治疗。