不消化时可以选择促胃肠动力药、消化酶制剂等药物来缓解，一般促胃肠动力药如多潘立酮能在15~30分钟左右起效。
促胃肠动力药
多潘立酮： 能促进胃肠蠕动，加快胃排空，一般在饭前15~30分钟服用，可缓解消化不良引起的腹胀、早饱等症状。不过，孕妇及哺乳期妇女要慎用。莫沙必利： 也是促胃肠动力药，作用机制是刺激肠道胆碱能神经元，促进乙酰胆碱释放，从而增强胃肠道运动，起效时间相对较快，一般半小时左右可能开始发挥作用，它对功能性消化不良有较好的疗效，但有心脏病尤其是心律失常的患者要遵医嘱使用。
消化酶制剂
复方消化酶： 含有多种消化酶，如淀粉酶、胃蛋白酶、脂肪酶等，能促进食物的消化，可用于因消化酶缺乏引起的消化不良，一般随餐服用，它可以帮助分解碳水化合物、蛋白质和脂肪等，但对本品过敏者禁用。米曲菌胰酶片： 由米曲菌酶和胰酶组成，米曲菌酶可补充发酵性酶，胰酶可补充消化酶，能改善因消化功能减退引起的消化不良，服用时要用足够水分送服，急性胰腺炎早期患者和对本品过敏者禁用。
中成药类
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，具有健胃消食的作用，可用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、消化不良等，成人一般一次4~6片，小儿酌减，但糖尿病患者禁服。保和丸： 主要成分有山楂（焦）、六神曲（炒）、半夏（制）、茯苓等，能消食，导滞，和胃，用于食积停滞，脘腹胀满，嗳腐吞酸，不欲饮食等，孕妇慎用，不适用于因肝病或心肾功能不全所致的饮食不消化。