胆管结石的治疗方式需根据具体病情而定，一般来说，无症状的胆管结石可以定期观察，而有症状或出现并发症的胆管结石多需要手术等治疗。对于一些较小的结石，也可尝试药物辅助排石，但药物排石效果有限。
手术治疗方式
腹腔镜胆总管切开取石术：这是比较常用的手术方法，通过在腹部打几个小孔，插入腹腔镜和手术器械，切开胆总管取出结石。一般术后恢复相对较快，住院时间大概在7~10天左右。胆肠吻合术：如果胆管存在狭窄等情况，可能需要做胆肠吻合术，将胆管与肠道吻合，帮助胆汁引流。但这种手术创伤相对大一些，术后需要注意胆道感染等并发症。
内镜治疗手段
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）：可以通过口腔、食管、胃到达十二指肠，找到胆管开口，插入导管注入造影剂显示胆管，然后取出结石。这种方法创伤较小，对于适合的患者可以作为首选，术后可能需要住院观察1~3天。内镜下括约肌切开取石术（EST）：在ERCP基础上，切开胆总管末端的括约肌，便于取出结石。但要注意术后可能出现出血、穿孔等风险，一般术后需要禁食1~2天观察。
药物辅助治疗
熊去氧胆酸：可以促进胆汁分泌，降低胆汁中胆固醇的饱和度，有助于小的胆固醇结石的溶解。但一般需要连续服用3~6个月以上才能看到一定效果，而且对于较大的结石效果不佳，同时孕妇、严重肝病患者禁用。抗生素：当胆管结石合并胆管炎时，需要使用抗生素抗感染，常用的有头孢菌素类等抗生素，一般根据感染的严重程度使用1~2周左右，使用前要注意有无药物过敏史。