肝内胆管结石的治疗需根据病情而定，对于无症状的肝内胆管结石，通常定期观察即可，每6~12个月进行一次超声等检查监测病情变化。而有症状或出现并发症的患者则需要积极治疗，主要治疗方式包括手术治疗、内镜治疗等。
手术治疗情况
部分肝叶切除： 如果肝内胆管结石局限在某一叶的肝内胆管，且伴有肝组织萎缩等情况，可能需要做部分肝叶切除手术。比如结石主要集中在左外叶，且左外叶已经发生纤维化等病变，就会考虑行左外叶切除术。胆肠吻合术： 对于肝内胆管结石合并胆管狭窄等情况，可能会采用胆肠吻合术，将胆管与肠道吻合，以引流胆汁，利于结石排出，同时也能解除胆管狭窄问题。但这种手术有发生反流性胆管炎等并发症的可能。
内镜治疗方面
内镜逆行胰胆管造影（ERCP）： 对于肝内胆管结石位于肝外胆管或近肝门部肝外胆管的情况，可通过ERCP进行治疗。医生会通过内镜找到胆管开口，插入导管等器械，取出结石或者放置支架等。不过对于肝内较深部位的结石，ERCP可能难以到达。一般来说，ERCP操作时间较短，术后恢复相对较快，但也存在穿孔、出血等风险。
药物辅助治疗
抗感染药物： 当肝内胆管结石患者出现胆管炎等感染情况时，会使用抗感染药物。比如常用的有头孢菌素类药物，像头孢曲松等，可针对胆管感染的常见病菌进行抗感染治疗，控制炎症。但药物治疗只是辅助手段，不能从根本上解决结石问题。利胆药物： 一些利胆药物也可用于肝内胆管结石的辅助治疗，如熊去氧胆酸等，它可以促进胆汁分泌，增加胆汁流量，一定程度上有助于小结石的排出以及减少结石形成，但对于较大的结石效果有限。不过这类药物使用时需要注意可能会有胃肠道不适等不良反应。