细菌性阴炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，其中乳杆菌减少，加德纳菌及其他厌氧菌增多是常见原因。正常情况下，阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势，当长期应用抗生素、性生活频繁、阴道冲洗等情况破坏了阴道的微生态平衡，就容易引发细菌性阴炎。
阴道微生态失衡因素
长期应用抗生素： 长期大量使用抗生素会抑制乳杆菌生长，同时使其他病菌大量繁殖，比如广谱抗生素可能会打破阴道内原本的菌群平衡，增加细菌性阴炎的发病风险。一般连续使用抗生素超过1周就可能对阴道菌群产生影响。性生活频繁： 性生活过于频繁会改变阴道的pH值等环境，增加阴道受到外界病菌侵扰的几率，有研究表明，性生活频率较高的女性患细菌性阴炎的可能性比性生活频率低的女性要高一些。
局部卫生问题影响
阴道冲洗不当： 过度进行阴道冲洗会破坏阴道自身的酸碱平衡和正常菌群环境，正常阴道内环境呈弱酸性，过度冲洗会使阴道pH值升高，有利于厌氧菌等生长繁殖，从而引发细菌性阴炎。一般建议每周阴道冲洗次数不超过2次。穿着不透气内裤： 长时间穿着紧身、不透气的内裤，会使阴道局部温度和湿度升高，为病菌滋生创造有利条件，尤其是在夏季，这种情况更容易发生，因为局部潮湿温暖的环境适合细菌等微生物生长繁殖。
其他相关因素
免疫力低下： 当人体免疫力下降时，比如患有糖尿病等基础疾病，或者长期处于疲惫、压力大的状态下，阴道局部的免疫力也会随之降低，容易让有害病菌趁机大量繁殖，引发细菌性阴炎。糖尿病患者血糖控制不佳时，阴道内糖原含量升高，更利于细菌生长。年龄因素： 育龄期女性相对更容易患细菌性阴炎，这与该阶段女性性生活相对活跃、阴道局部环境变化较多等因素有关，而绝经后女性由于雌激素水平降低，阴道黏膜变薄，局部抵抗力下降，也可能出现细菌性阴炎，但相对育龄期女性发病几率有所不同。