细菌性阴炎主要是阴道内正常菌群失调引起的混合感染，其中乳杆菌减少，加德纳菌及厌氧菌等增多是常见原因。正常情况下，阴道内以产生过氧化氢的乳杆菌占优势，当阴道内环境改变，如局部pH值升高（正常阴道pH值在3.8~4.4），乳杆菌减少，其他微生物大量繁殖，就容易引发细菌性阴炎。
阴道微生态失衡因素
性生活方面： 频繁性生活可能破坏阴道的微生态平衡。比如有多个性伴侣或者性生活过于活跃的女性，患细菌性阴炎的风险相对较高。因为性生活过程中可能会引入外界的细菌等微生物，影响阴道内原本的菌群环境。卫生习惯问题： 不恰当的阴道冲洗会破坏阴道正常的酸性环境和菌群平衡。例如过度使用阴道清洗剂冲洗阴道，会改变阴道的pH值，使得有害菌更容易滋生，从而增加细菌性阴炎的发生几率。另外，内裤长时间不更换、不勤洗等不良卫生习惯，也会让阴道局部细菌滋生，引发炎症。
机体免疫力因素
孕期女性： 孕期女性由于体内激素水平的变化，阴道局部的免疫力会有所下降。此时阴道内环境更容易受到影响，细菌等微生物容易滋生，所以孕期女性相对更易患细菌性阴炎。比如怀孕中后期的女性，身体的各项机能处于特殊状态，阴道的防御能力减弱，就比较容易出现细菌性阴炎的情况。长期应用抗生素人群： 长期使用抗生素会抑制阴道内乳杆菌的生长，使得其他致病菌大量繁殖。像一些患有其他疾病需要长期使用广谱抗生素的患者，在用药过程中或者停药后一段时间，都可能出现阴道菌群失调，进而引发细菌性阴炎。比如因肺炎长期使用阿莫西林等广谱抗生素的患者，就有较大可能出现细菌性阴炎的症状。