耳朵后面起小囊肿的原因有多种。其中比较常见的是皮脂腺囊肿，这是由于皮脂腺排泄管阻塞，皮脂腺囊状上皮被逐渐增多的内容物膨胀所形成的潴留性囊肿。一般来说，这种囊肿生长缓慢，呈圆形，硬度中等或有弹性，高出皮面，表面光滑，推动时感到与表面相连但与基底无粘连。
一、感染因素导致
细菌感染引发：当耳朵后面的皮肤受到细菌侵袭时，比如金黄色葡萄球菌等感染，可能会引起局部炎症反应，进而导致囊肿形成。这种情况下，囊肿周围可能会伴有红肿、疼痛等症状，有的囊肿还可能会有化脓的表现。例如，皮肤有微小破损后，细菌容易侵入，引发局部的炎症性囊肿。病毒感染相关：某些病毒感染也可能与耳朵后面小囊肿的形成有关。比如单纯疱疹病毒感染，可能会在皮肤黏膜交界处出现疱疹样的改变，如果反复发作，也可能形成类似囊肿的表现，但相对来说这种情况相对少见一些。
二、先天性因素
胚胎发育异常：在胚胎发育时期，耳朵后面的组织发育出现异常，可能会导致一些先天性的囊肿。这种先天性囊肿往往在出生后就可能被发现，或者在儿童时期逐渐显现出来。例如，一些先天性的皮样囊肿，就是由于胚胎发育过程中皮肤组织残留所形成的，一般位置比较固定，边界清楚。
三、其他因素
外伤刺激：耳朵后面如果受到外伤，比如碰撞、擦伤等，在伤口愈合过程中，可能会导致局部组织的异常增生，从而形成囊肿。比如耳朵后面被外力撞击后，局部组织修复过程中出现异常，就可能出现小囊肿。代谢因素：人体的代谢紊乱也可能与耳朵后面小囊肿的形成有一定关系。例如，体内某些代谢物质的异常堆积，可能会在耳朵后面的组织中沉积，逐渐形成囊肿。不过这种情况相对较为少见，需要结合全身的代谢情况进行综合判断。