小儿癫痫的引起原因较多，比如遗传因素就比较常见，据统计，约有30% - 40%的小儿癫痫与遗传因素相关，如果家族中有癫痫患者，小儿患癫痫的风险会相对增高。
遗传因素方面
基因遗传： 某些特定的基因突变可能会导致小儿癫痫的发生。比如一些离子通道相关的基因发生突变，会影响神经细胞的电生理活动，使得大脑神经元异常放电，从而引发癫痫。常见的如钠离子通道基因、钾离子通道基因等发生突变都可能与小儿癫痫有关。家族遗传倾向： 如果家族中有癫痫病史，尤其是近亲中有癫痫患者，小儿患上癫痫的几率比正常人群要高。这种遗传倾向可能是多基因遗传或者单基因遗传等不同的遗传模式导致的。
脑部发育异常方面
胚胎期发育问题： 在胎儿发育的胚胎期，比如怀孕早期受到病毒感染、接触有害物质等，可能会影响胎儿脑部的正常发育。例如孕妇在孕期感染风疹病毒、巨细胞病毒等，可能导致胎儿脑部结构出现异常，出生后小儿就容易出现癫痫发作。出生时脑部损伤： 早产儿、低出生体重儿在出生过程中容易出现脑部缺氧、产伤等情况，这些因素都可能损伤脑部组织，影响脑部的正常功能，进而引发癫痫。有数据显示，出生时脑部损伤是小儿癫痫的重要诱因之一。
获得性脑损伤方面
感染因素： 小儿时期如果患上脑炎、脑膜炎等脑部感染性疾病，炎症会刺激大脑神经元，导致神经元异常放电引发癫痫。比如细菌性脑膜炎、病毒性脑炎等，如果没有得到及时有效的治疗，就可能遗留癫痫后遗症。脑部外伤： 小儿如果头部受到外伤，如车祸、坠落等导致脑部受伤，脑部组织受到损伤后，也容易引发癫痫。尤其是重度脑部外伤的小儿，发生癫痫的风险明显增高。