女人感染衣原体后，症状因感染部位不同而有差异。女性感染衣原体后，泌尿生殖道是常见的感染部位，约有一半的患者可能没有明显症状，而有症状的患者，泌尿生殖道感染时可能出现阴道分泌物增多，呈黏液脓性，颜色可为黄色或绿色，还可能伴有尿道不适，如尿频、尿急等，尿道外口可能有红肿现象。
泌尿生殖道感染症状
宫颈感染： 宫颈会出现充血、水肿，可能有接触性出血，还可能有黏液脓性分泌物从宫颈口流出。一般感染后1 - 3周左右可能出现相关表现。尿道感染： 除了尿频、尿急外，尿道口可能有轻度红肿，挤压尿道时可见少量稀薄的脓性分泌物。
其他部位感染症状
盆腔炎： 如果衣原体感染上行蔓延至盆腔，可能引发盆腔炎，患者会出现下腹部疼痛，疼痛程度不一，可能为持续性隐痛或胀痛，还可能伴有发热，体温可达到38℃左右，部分患者会有月经紊乱，如月经量增多、经期延长等情况。眼结膜感染： 少数情况下衣原体可感染眼结膜，导致眼结膜充血、发红，有异物感，眼部分泌物增多，多为黏液性分泌物。
孕期感染影响
孕妇感染衣原体可能会导致早产，有研究显示，孕妇衣原体感染早产的发生率比未感染的孕妇要高。而且还可能引起新生儿感染，新生儿通过产道时可能被感染，出现眼结膜炎或肺炎等情况，眼结膜炎表现为眼结膜充血、有分泌物，肺炎则表现为呼吸增快、咳嗽等。