衣原体感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，男性衣原体尿道炎可能在感染后1-3周出现症状，女性宫颈感染后也有相应表现。
男性泌尿生殖系统感染症状
尿道炎表现： 男性感染衣原体后，尿道炎症状相对较轻，可能出现尿道刺痒，一般程度较轻，有的患者还会有尿频，排尿时可能有轻度灼热感或刺痛感，但症状不如淋病严重。部分患者尿道口会有少量稀薄的分泌物，晨起时可能发现尿道口有少量粘液性分泌物，呈糊状物封住尿道口（称为“糊口”现象）。附睾炎表现： 如果感染扩散到附睾，可引起附睾炎。此时会出现附睾肿大、疼痛，阴囊部位有坠胀感，触摸附睾时能感觉到明显的疼痛，严重时阴囊皮肤会红肿，疼痛可放射至下腹部和腹股沟区域。
女性泌尿生殖系统感染症状
宫颈感染表现： 女性感染衣原体后，宫颈是常见的感染部位。多数患者可能没有明显症状，部分人会出现宫颈炎症表现，如宫颈充血、水肿，有粘液性分泌物排出，患者可能感觉白带增多，白带性状可能变为粘液脓性，有的女性会有阴道瘙痒或灼热感。盆腔炎表现： 若衣原体感染上行引起盆腔炎，病情严重时会出现下腹部疼痛，疼痛程度不一，可为持续性隐痛或胀痛，活动或性交后疼痛可能加重。还可能伴有发热，体温可在38℃左右，有的患者会出现月经紊乱，如月经量增多、经期延长等情况。另外，盆腔炎可能导致输卵管粘连、阻塞等，影响生育功能。
眼部感染症状
包涵体结膜炎表现： 新生儿经产道感染衣原体可引起包涵体结膜炎，多在出生后5-12天发病。表现为双眼睑红肿，结膜充血、水肿，有较多脓性分泌物，病情发展可能会出现乳头增生，眼部有异物感、烧灼感。而成人感染衣原体引起的眼部感染多为滤泡性结膜炎，主要表现为结膜充血，出现滤泡，一般无全身症状，但眼部会有不适，如眼痒、异物感等。
呼吸道感染症状
肺炎表现： 婴儿感染衣原体可引起肺炎，多在出生后2-12周发病。起病相对缓慢，初期有上呼吸道感染症状，如鼻塞、流涕，之后出现咳嗽，多为干咳或有少量痰，咳嗽逐渐加重，有的患儿会出现呼吸增快，严重时可能有呼吸困难、喘憋等表现，肺部听诊可闻及湿啰音。