感染衣原体后，不同部位感染症状有所不同。比如沙眼衣原体感染眼部时，可能出现眼睛发红、疼痛、有异物感、分泌物增多等症状，一般发病可能在感染后1~3周左右出现相关表现。
眼部感染症状
急性沙眼： 感染沙眼衣原体后，急性期可能出现眼部明显不适，眼睛会充血发红，睑结膜出现乳头或滤泡增生，同时伴有较多黏液或脓性分泌物，患者会感觉眼睛瘙痒、疼痛、异物感明显，通常病程可能持续数周甚至数月。慢性沙眼： 由急性沙眼迁延而来，症状相对较轻，可能有眼部轻度不适、干涩、发痒、异物感等，眼部检查可见睑结膜肥厚、瘢痕形成等。
泌尿生殖道感染症状
男性非淋菌性尿道炎： 感染后1~3周左右发病，主要症状有尿道刺痒、灼痛，还可能伴有轻重不一的尿频、尿急，尿道口轻度红肿，分泌物稀薄，量少，为浆液性或脓性，晨起时可能有尿道口结痂现象。女性泌尿生殖道感染： 宫颈是主要感染部位，多数人无症状或症状轻微，有症状者可表现为阴道分泌物增多，呈黏液脓性，外阴瘙痒，性交后出血等，还可能累及尿道，出现尿频、尿急、尿痛等症状。
呼吸道感染症状
肺炎： 主要发生在婴儿和儿童中，通常在出生后2~12周发病，起病缓慢，先有上呼吸道感染症状，如鼻塞、流涕等，之后出现呼吸增快、咳嗽，多为不典型的百日咳样咳嗽，可伴有发热，体温一般为低热或中度发热。支气管炎： 成人感染衣原体引起支气管炎时，症状相对较轻，可能有咳嗽，多为干咳或少量黏液痰，可伴有咽痛、声音嘶哑、乏力等症状，一般全身症状不重，病程可能持续数周。