三个月宝宝便秘的治疗方法包含养成排便习惯、改善饮食结构、益生菌或开塞露辅助排便、手术治疗等，具体应依据病因和个人情况来选择，要遵医嘱进行治疗。
一、养成排便习惯：三个月宝宝便秘多数是功能性的或与饮食相关，婴儿的肌肉、神经等尚处于发育阶段，排便反射较弱，所以需要给婴儿培养定时定期排便的良好习惯。
二、改善饮食结构：长期食用高蛋白质而少糖的食物容易导致大便干结从而引起宝宝便秘，这种情况只需调整饮食结构即可。
三、辅助治疗：
1.若是奶量或辅食进食少，会使大便形成速度变慢，造成便秘假象，且长期进食不足会影响身体正常发育进而影响排便功能。对此，通常可以适当服用肠道益生菌帮助消化，或者直接使用开塞露缓解症状，但这个改善过程相对需要较长时间，由于三个月宝宝属于特殊人群，必须严格遵医嘱用药，以免产生不良后果。
2.若宝宝便秘是由先天性巨结肠、先天性甲状腺功能低下等病理因素造成的，那么可能需要根据患儿病情严重程度、年龄、全身状况等多种因素选择相应的药物或手术治疗。
三个月宝宝便秘的治疗不可急于求成，一定要做到对因对症治疗，切不可自行用药而延误病情导致严重后果。