男性感染衣原体后，症状表现多样。一般来说，男性感染衣原体后，潜伏期通常为1-3周。
尿道不适症状
尿道刺痒： 患者会感觉尿道有轻微的刺痒感，这种不适可能会持续存在，时轻时重。尿道分泌物： 晨起时可能会发现尿道口有少量稀薄的黏液性分泌物，有的时候分泌物会结成痂膜封住尿道口，称为“糊口”现象。
泌尿生殖系统症状
尿频、尿急： 感染衣原体后，男性可能会出现尿频、尿急的症状，即排尿次数增多，而且有急迫感，总是感觉尿意一来就要马上排尿。会阴胀痛： 部分男性患者会感到会阴部位有胀痛不适的感觉，尤其是在长时间站立或久坐后，这种胀痛感可能会加重。
并发症相关症状
附睾炎： 如果衣原体感染没有及时得到控制，可能会引发附睾炎。此时，阴囊会出现红肿、疼痛，触摸时附睾肿大、疼痛明显，患者行走或站立时会有明显的不适。前列腺炎： 少数男性患者可能会并发前列腺炎，出现会阴部不适、坠胀，排尿时可能有灼热感、尿频、尿急等症状加重，还可能伴有性功能障碍等表现。