肺炎衣原体感染后，症状表现多样。一般来说，潜伏期约为10~65天。早期可能出现咽痛、声音嘶哑等上呼吸道症状，随后可能发展为下呼吸道感染相关表现。
呼吸道相关症状
咳嗽表现： 多为干咳，可持续数周甚至数月。咳嗽程度轻重不一，有的患者咳嗽较为剧烈，影响日常生活和睡眠。例如，部分儿童感染肺炎衣原体后，会频繁出现长时间的干咳。发热情况： 可出现不同程度的发热，体温一般在37.5~39℃左右，部分患者体温可更高。发热持续时间因人而异，短则数天，长则可达2~3周。
全身伴随症状
乏力疲惫： 患者常感到全身乏力，体力明显下降，即使经过短暂休息，也不易恢复。比如，感染后会觉得做事没有力气，活动耐力明显降低。头痛表现： 部分患者会出现头痛症状，头痛程度可轻可重，有的为轻微胀痛，有的则较为剧烈。通常在发热时头痛可能会加重。
其他可能症状
咽喉不适： 除了咽痛外，还可能有咽喉部异物感、干燥感等不适。这种咽喉症状可能会持续存在，影响患者的吞咽和发声。耳部症状： 少数患者可能出现耳部不适，如耳痛等症状，这是因为肺炎衣原体感染可能累及耳部相关部位。