尿道炎通常是由病原体感染引起的，其中大约50%的尿道炎是由沙眼衣原体和淋病奈瑟菌等病原体导致的。
病原体感染因素
细菌感染： 大肠埃希菌是引起尿道炎较常见的细菌，它常存在于肠道中，当机体抵抗力下降或尿道黏膜有损伤时，就容易侵入尿道引发感染。比如女性尿道短而宽，尿道口靠近肛门，更易受到大肠埃希菌等细菌的侵袭。支原体、衣原体感染： 沙眼衣原体、解脲脲原体等支原体、衣原体也可引起尿道炎。性行为是其主要的传播途径，在性活跃的人群中较为常见，比如一些年轻人有不洁性行为后就可能感染支原体、衣原体而患上尿道炎。病毒感染： 单纯疱疹病毒、人类乳头瘤病毒等病毒也可能引发尿道炎。例如单纯疱疹病毒感染后，会在尿道局部引起炎症反应，出现尿道疼痛、水疱等症状。
尿道局部因素
尿道梗阻： 如尿道结石、狭窄等情况会导致尿液排出不畅，使得尿道内的细菌不易被冲洗清除，长期积聚就容易引发尿道炎。比如尿道结石患者，结石堵塞尿道，尿液流通受阻，细菌容易在局部繁殖。尿道损伤： 器械检查、性交等引起的尿道黏膜损伤，会使尿道的防御功能降低，从而让病原体更容易侵入导致感染。例如导尿等器械操作可能会损伤尿道黏膜，增加尿道炎的发病风险。
机体免疫因素
免疫力低下： 当人体免疫力较低时，比如患有糖尿病、艾滋病等疾病，或者长期使用免疫抑制剂的人群，身体对病原体的抵御能力减弱，就更容易患上尿道炎。像糖尿病患者由于血糖控制不佳，机体抵抗力下降，容易发生各种感染，包括尿道炎。局部卫生不良： 不注意尿道局部的清洁卫生，会使细菌等病原体容易在尿道滋生，增加尿道炎的发生几率。尤其是女性，如果不经常清洗外阴、更换内裤，就容易让细菌感染尿道引发炎症。