子宫畸形主要是胚胎发育时期出现异常导致的。在胚胎发育的早期，也就是怀孕的前8周左右，生殖系统开始分化形成，如果在这个过程中受到某些因素干扰，就可能出现子宫畸形。
遗传因素导致
染色体异常：一些染色体数目或结构的异常可能会影响子宫的正常发育。例如，有研究发现某些特定染色体的缺失或重复等异常情况，会增加子宫畸形发生的风险。比如Turner综合征患者，就常常伴有子宫畸形的情况。家族遗传倾向：如果家族中有子宫畸形的病史，那么后代出现子宫畸形的概率可能会相对增高。虽然具体的遗传机制还在研究中，但遗传因素在子宫畸形的发生中起到了一定作用。
孕期外界因素影响
药物影响：孕妇在怀孕早期如果服用了某些不合适的药物，可能干扰胚胎生殖系统的发育。例如，在怀孕早期误用了一些具有致畸作用的药物，像某些抗肿瘤药物等，就可能影响子宫的正常形成。感染因素：怀孕早期如果孕妇感染了某些病毒，如风疹病毒等，也可能导致胚胎发育异常，进而引起子宫畸形。有研究表明，孕妇在孕期感染风疹病毒后，胎儿发生子宫畸形的风险会明显升高。
胚胎发育过程异常
副中肾管发育异常：在胚胎发育时，副中肾管的正常融合、分化出现问题就会导致子宫畸形。比如，副中肾管完全未融合，可能会形成双子宫；副中肾管融合不全则可能出现纵隔子宫等情况。其他发育阶段异常：在胚胎发育的其他阶段，如果出现异常，也可能影响子宫的形态。例如，在子宫发育的关键时期，由于一些内在或外在因素导致组织分化异常，最终造成子宫畸形。