子宫畸形主要是胚胎发育时期出现异常导致的。在胚胎发育的第6 - 10周，生殖嵴两侧的副中肾管发育、融合、吸收等过程若出现问题，就可能引发子宫畸形。
遗传因素导致
基因异常影响： 某些基因的突变或异常可能干扰子宫的正常发育。例如，与子宫发育相关的特定基因发生突变，就有可能使子宫在形态和结构上出现畸形。研究发现，家族中有子宫畸形遗传倾向的话，后代发生子宫畸形的风险会相对增高。染色体异常关联： 染色体数目或结构的异常也会导致子宫畸形。比如特纳综合征患者，常伴有子宫发育不良等畸形情况，这与染色体异常密切相关。
胚胎发育时期受干扰
母体环境因素干扰： 孕妇在妊娠早期接触一些不良因素会影响子宫发育。比如孕期接触放射性物质，像在放射科工作且防护不当，或者接触某些致畸药物，如在不知情的情况下服用了对胚胎发育有影响的药物，都可能干扰子宫的正常形成。还有孕妇感染某些病毒，如风疹病毒等，也可能导致胚胎发育过程中子宫畸形。激素水平异常影响： 妊娠期间母体激素水平的异常也会波及子宫发育。如果母体在孕期雌激素、孕激素等激素分泌失衡，就可能干扰副中肾管的正常融合等过程，进而引发子宫畸形。例如，孕期雌激素水平过低，可能影响子宫的正常形态构建。
其他可能因素
药物滥用影响： 除了特定的致畸药物，孕期随意滥用一些非处方药物也可能有风险。有些药物虽然不是专门的致畸药，但在孕期不当使用，也可能干扰胚胎发育中的子宫形成环节。比如一些含有激素类的不恰当用药，就可能打破母体正常的激素平衡，影响子宫发育。不良生活习惯影响： 孕妇自身的不良生活习惯也可能增加子宫畸形风险。长期吸烟、酗酒的孕妇，其体内的有害物质会影响胚胎发育环境，导致子宫在发育过程中出现畸形。吸烟产生的尼古丁等物质会影响胎盘的血液供应，进而影响子宫的正常发育。