畸形子宫主要是在胚胎发育时期形成的。在胚胎发育的早期阶段，女性的副中肾管（苗勒管）会发生融合、分化等一系列复杂过程，如果这个过程出现异常，就可能导致子宫畸形。据相关医学研究，大约有一定比例的生殖系统发育异常与胚胎时期的发育异常相关，而子宫畸形就是其中常见的一种情况。
遗传因素相关
基因层面影响： 某些特定的基因变异可能会干扰子宫发育的正常进程。比如，与子宫发育相关的一些关键基因发生突变，就有可能导致子宫在形态结构上出现畸形。例如，有研究发现，一些涉及苗勒管发育调控的基因出现异常时，就容易引发子宫畸形。家族遗传倾向： 如果家族中有过子宫畸形的病例，那么后代出现子宫畸形的风险可能会相对增加。这是因为遗传物质会在家族中传递，使得家族成员携带了容易导致子宫发育异常的相关基因。
胚胎发育环境因素
孕期感染影响： 女性在怀孕期间如果感染了某些病毒，如风疹病毒等，可能会影响胚胎的正常发育，进而干扰子宫的形成。例如，孕妇在妊娠早期感染风疹病毒，就有可能导致胚胎的苗勒管发育出现障碍，最终引发子宫畸形。药物因素干扰： 孕期不合理使用某些药物也可能对胚胎发育产生不良影响。比如，在妊娠早期误用了一些具有致畸作用的药物，就可能干扰子宫的正常发育过程，增加子宫畸形的发生几率。
内分泌调节异常
激素水平失衡： 女性体内的雌激素、孕激素等激素水平对子宫发育起着重要的调节作用。如果在胚胎发育关键时期，这些激素水平出现异常，就会影响子宫的正常形态构建。例如，雌激素水平过低或过高，都可能导致子宫在发育过程中出现畸形。内分泌疾病影响： 患有一些内分泌疾病，如多囊卵巢综合征等，也可能间接影响子宫的发育。多囊卵巢综合征患者往往存在内分泌紊乱的情况，这可能会干扰胚胎发育时子宫的正常形成，从而增加子宫畸形的发生风险。