紧急避孕药和短效避孕药在用途、服用时间、副作用等方面有区别。紧急避孕药一般是在无防护性生活或避孕失败后72~120小时内服用，有效率约85%，主要是通过延迟或阻止排卵、干扰受精或影响着床来达到避孕目的；而短效避孕药需要连续服用，一般从月经来潮第1天开始服用，连服21天，然后停药7天，接着开始下一个周期，避孕有效率可达99%。
用途方面
紧急避孕药：主要是作为常规避孕失败后的补救措施，不能作为常规避孕方法。它只能对一次无保护性生活起作用，且避孕效果相对短效避孕药要低。比如，在没有采取避孕措施的同房后，服用紧急避孕药来避免意外怀孕。短效避孕药：是一种常规的避孕方式，通过规律服用来达到长期避孕的效果。它不仅能避孕，还有一些其他作用，像可以调节月经周期，让月经变得更规律，减少经量过多、痛经等情况。
服用时间方面
紧急避孕药：服用时间严格限制在无保护性生活后72小时内，而且越接近性生活时间服用，避孕效果越好。超过72小时再服用，避孕失败的几率会大大增加。短效避孕药：有固定的服用周期，一般是从月经第1天开始服用，每天固定时间服用1片，连续服用21天为一个周期。如果漏服，需要在12小时内补服，否则可能会影响避孕效果。
副作用方面
紧急避孕药：副作用相对较大，可能会引起恶心、呕吐、不规则阴道流血等情况，还可能会导致月经紊乱，比如月经提前或推迟。一般来说，服用紧急避孕药后，月经可能会出现1~2周的波动。短效避孕药：副作用相对较小，常见的可能有类早孕反应，如恶心、头晕等，但通常比较轻微，而且随着服药时间的延长会逐渐减轻。对月经的影响相对较小，还可能会减少某些妇科疾病的发生风险，像卵巢囊肿、子宫内膜癌等。