头孢克肟与头孢丙烯都是头孢类抗生素，但它们有一些区别。头孢克肟对部分革兰阴性菌的作用较强，口服后血药浓度相对较高；头孢丙烯对革兰阳性菌的抗菌活性稍强一些。
抗菌谱方面
头孢克肟：主要对链球菌属（肠球菌除外）、肺炎球菌、淋球菌、卡他布兰汉球菌、大肠杆菌、克雷伯杆菌属、沙雷菌属、变形杆菌属及流感杆菌等引起的感染有效。比如常用于治疗肺炎、支气管炎、膀胱炎等由上述敏感菌引发的感染。头孢丙烯：对金黄色葡萄球菌（包括产β - 内酰胺酶菌株）、肺炎链球菌、化脓性链球菌等革兰阳性菌，以及流感嗜血杆菌（包括产β - 内酰胺酶菌株）、卡他莫拉菌（包括产β - 内酰胺酶菌株）等革兰阴性菌有抗菌活性。像用于治疗社区获得性肺炎、急性鼻窦炎等感染时，可能会用到。
药代动力学不同
头孢克肟：口服后约40% - 50%被吸收，血药浓度达峰时间为2 - 4小时，血浆蛋白结合率约70%，半衰期为3 - 4小时。头孢丙烯：口服吸收良好，约90%可被吸收，血药浓度达峰时间约为1.5小时，血浆蛋白结合率约36%，半衰期约为1.3 - 1.8小时。
不良反应情况
头孢克肟：可能出现腹泻、恶心、呕吐等胃肠道反应，也可能有皮疹、瘙痒等过敏反应，偶尔会有血清氨基转移酶升高、嗜酸性粒细胞增多等情况。头孢丙烯：常见的不良反应是胃肠道反应，如腹泻、恶心、腹痛等，也可能出现头痛、眩晕等，过敏反应相对较少见，但也有出现皮疹、荨麻疹等的可能。